Datenauswertung für Masterarbeit

[hans wurst]

Hallo,
für meine Masterarbeit in Geographie müssen mit einer bestimmten Farbe angestrichene Stangen in den Boden geschlagen werden. Unter wiederum bestimmten Bedingungen, wie Wassersättigung und reduzierende Bedingungen etc. löst sich diese dann fleckenhaft ab.

Bild 1 zeigt wie die Auswertung aussehen könnte. Bild 2 wie meine Stangen nach ihrem Geländeeinsatz aussehen. Das Bild ist schon aus der von 4 Seiten fotographierten Stange zusammengesetzt...
Ich habe rotbraune, wie im ersten Bild, und dunkelbraune wie im 2. Als Ergebnis sollten möglichst die "entfärbten" und bestrichenen Flächen in % zueinander in Relation zu stellen sein.

Wie bekomme ich das am besten mit Photoshop CS 3 am besten hin? Oder lohnt es doch ein anderes Programm wie z.B. Gimp zu benutzen? Kann man das automatisieren, habe nämlich über 100 davon? Hab jetzt schon stundenlang herumprobiert es aber nicht so ansehnlich hinbekommen wie in Bild 2 aus der Literatur...

Danke für eure Hilfe, sie wird dringend gebraucht!!