Ich weiß nicht welchen Bildbetrachter du benutzt, aber bei Irfanview (kannste
hier umsonst herunter laden) kannst du eine Farbe als Transparenz wählen. Und wenn das Papier auf dem du gemalt hast die gleiche Farbe hat (also ohne Linien und Kaffeeflecken) dann wählste einfach die Farbe "weiß" als Transparnez...oder auf welcher Farbe du eben gemalt hast.
Oder du lädst das gescannte Bild in PS rein und gehst auf Auswahl->Farbbereich und wählst mit der +Pipette (Farbe hinzufügen) einige markante Farbwertpunkte deiner Bleistiftzeichnung. Und wenn du dann eine Zufriedenstellende Auswahl hast, drückst du auf diesen Knopf hier:

Der befindet sich ganz unten in der Ebenenpalette und erzeugt eine Maske. Dann wird alles, was nicht ausgewählt ist ausgeblendet. Zack, haste deine Transparenz