Der Organizer zeigt Dir halt immer alle Bilder, die der aktuellen Filtereinstellung entsprechen. Hast Du keinen Filter eingeschaltet (default), dann zeigt er tatsächlich ALLE ihm bekannten Bilder - egal in welchem Ordner sie sich befinden.
Für die Pfadansicht wechsele zu Anzeigen->Pfad:
Dann zeigt der Organizer die Bilder nach Ordnern sortiert und ganz links die Ordnerstruktur.
