Sollte eigentlich nicht sein....
...lass mich raten: Du hast ein Bild, das aus einer
Hintergrundebene besteht. Eine Hintergrundebene kann keine Transparenzen haben und wenn du dort ein "Loch" machst, füllt Photoshop es mit der aktuellen Hintergrundfarbe. Wenn du nun zufällig Pixel der gleichen Farbe verschieben willst, werden die Lücken gleich wieder gefüllt...
Wenn es tatsächlich so sein sollte, dann wandle die Hintergrundebene einfach vor dem Verschieben in eine normale Ebene um und das Problem sollte gelöst sein.
Falls nicht, dann müsstest du mal deinen Arbeitsablauf genau beschreiben und evtl.
damit einen Screenshot hochladen.