Ok, das macht das Problem deutlich.
Bei deinen Freigestellten Bilder fehlen ja große Teile des Bilds, bleibt die Frage warum.
Wie ist den deine genau Vorgehensweise?
Nach dem du das Objekt Ausgewählt hast wie entfernst du dann den Hintergrund.
Schneidestdu das Objekt aus, bzw. kopierste es, und fügst es dann in einer neuen Ebene oder Datei wieder ein? Wenn ja kann dabei das Objekt leicht verschoben werden.
Benutzt du das Freistellungs Werkzeug

um unnötige Teile des Bilds zu entfernen? Wenn ja mache das nicht an jedem Bild einzeln sondern lege dir jedes Bild in eine einzelne Ebene und benutze das Freistellnungswerkzeug erst dann so werden bei allen Bildern die selben Teile abgeschnitten.
Will jetzt nicht noch mehr ins Blaue Raten, wie gesagt beschreib mal deine genaue Arbeitsweise, dann kann man mehr sagen.