JPG ist immer mit Hintergrund (manchmal auch eine andere Farbe als weiß aber immer ohne Transparenz). Wie vier schon schreibt. GIF und PNG können Transparenz. PSD und TIFF auch (da sind die Dateien etwas größer). PNG zeichnet sich darüber hinaus dafür aus, dass es auch semitransparenzen kann, wo GIF scheitert.
Wenn After Effects damit umgehen kann, würde ich aber trotzdem eher die PSD direkt oder eine TIFF nehmen. Belastet das das System zu sehr, aber sind Teiltransparenten im Logo (Sachen z.B. nur zu 50 % sichtbar), dann PNG und ansonsten bei klaren Farben und Linien GIF.
Gruß
Heike
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