Hallo!
Wenn man in PS eine Ebene dupliziert, dann ist dieses Duplikat danach die aktive Ebene.
Ist das anders, wenn man via JS dupliziert?
Denn sonst kannst du das Duplikat doch einfach mit "activeLayer" ansprechen.
Diese Seite kennst du sicher schon?
http://www.adobe.com/devnet/photoshop/scripting.html