Hallo!
Ich würde dazu raten, in AE gleich die Photoshop-Datei (Ebene+Maske) zu importieren!
Meine Vorgehensweise:
Ebene mit Maske versehen
mit gedrückter ALT Taste kannst du auf die Miniatur der Maske klicken, um diese weiter zu bearbeiten
um die Transparenz nutzen zu können, importierst du die .psd Datei mit den Einstellungen:
Vorteil dieser Methode:
Deine originalen Pixel (hier die rote Fläche) werden NICHT verändert - du veränderst nur die Sichtbarkeit der einzelnen Pixel.
Jede weitere Änderung hinsichtlich der Transparenz kannst du nach dem Import in AfterEffects in Photoshop machen und anschließend das Footage in AE aktualisieren.