Die einzige Einstellungsmöglichkeit ist wohl "Quellbild überspringen, wenn das Zielbild bereits existiert"
Wenn also die Bilder von vorherigen Konversionen noch im Zielordner vorhanden sind, wird der Konverter diese Umwandlung als 'unnötig' überspringen.
Solltest Du nach der Umwandlung weitersortieren, trifft das dann aber nicht mehr zu.
Eine Einstellung "Lösche Quelldatei nach Konversion" gibt es nicht; wäre mir allerdings auch zu unsicher.
Insofern: Ja, du mußt die Ausgangsbilder manuell löschen.