So, ich glaube, ich hab's.
Ich hab nicht das Bild der Mutter Theresa genommen, da ich das Original-jpg ohne meine weißen Quadrate mit Zahlen drauf nicht vorliegen hatte (und auch nicht wusste, wie es mit den Bildrechten aussieht). Also hab ich stattdessen einen Schattenriss genommen.
Zunächst mal das Endergebnis. So sieht's aus:
Läuft!

So hattest du dir's doch vorgestellt, oder?
Zunächst mal zu deinem Gif. Ich hab's mir mal genau angesehen. Irgendetwas ist beim Zusammenfügen wohl schief gegangen: Folgende Zahlen waren auf den Ebenen zu sehen:
Ebene / Frame 1: 1 und 6
Ebene / Frame 2: 2 und 6
Ebene / Frame 3: 3 und (nichts)
Ebene / Frame 4: 3 und 4
Ebene / Frame 5: 3 und 5
Ebene / Frame 6: 3 und 6
Das alles wurde zusammengefügt. Da z.B. die 3 in vier Frames auftaucht, erklärt sich hiermit, warum diese Zahl so lange stehen bleibt.
Das "nichts" in Frame 3 erklärt, dass die untere Zahl kurzzeitig verschwindet.
So sieht mein Gif aus:
Ebene / Frame 1: 1 und 4
Ebene / Frame 2: 2 und 5
Ebene / Frame 3: 3 und 6
Ich hab's erstellt, indem ich die Zahlen aus Gif 1 oben in den Schattenriss eingefügt habe, die aus Gif 2 unten. Ausgerichtet habe ich sie mittels der Hilfslinien.
Danach habe ich die Ebenen im Ebenenfenster so zurecht geschoben, dass ich die 1 und die 4 zu einer Ebene reduzieren konnte, ebenso die 2 und die 5 sowie die 3 und die 6.
Anschließend musste ich noch den Schattenriss zwei Mal kopieren und verschieben, um ihn jeweils mit der 1/4, der 2/5 und der 3/6 zu jeweils einer Ebene zu reduzieren.
Zum Schluss hatte ich die drei benötigten Ebenen, habe sie als Frame definiert, die Verzögerung eingestellt und alles gespeichert.
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Edit: Hoppala, da hatten sich unsere Beiträge überschnitten. Schon klar, dass du das für ein völlig anderes Motiv brauchst. Vermutlich wird das auch um einiges komplizierter. Übe am besten erst mal an einer ganz einfachen Datei, wie der mit dem Schatten (oder meinetwegen der Mutter Theresa

) und den zwei ganz einfachen Zahlen-Gifs, bis du's beherrschst.