Hallo japsaenz,
herzlich willkommen im

Ich würde jeweils die Ausschnitte in das Bild ziehen. Damit wird das Ganze eine eigene Ebene. Für diese Würde ich die Deckkraft reduzieren, so dass ich das Original wieder darunter erkennen kann. Eventuell mit Transformieren (aber bitte proportionial) den Ausschnitt auf die passende Größe bringen (Du siehst ja die entsprechenden Teile, die passen und kannst das dann entsprechend schon beim transformieren verschieben).
Dann die Auswahl der Ebenen-Transparenz der Ausschnitt-Ebene laden (Auswahl / Laden / Ebenentransparenz) und dann auf die Originalebene klicken.
Strag + C zum kopieren. Datei / Neu und Strg + V zum Einfügen und schon solltest Du den Ausschnitt in einer neuen Datei haben. Das Gleiche für alle Ausschnitte wiederholen (eventuell immer die Ausschnittebene löschen.
Automatisieren ist da aus meiner Sicht nicht machbar.
Gruß und viel Spaß hier noch
Heike