Also pop3.freenet.de funktioniert? und mx.freenet.de nicht? (Das wäre ungewöhnlich, weil Freenet komplett auf mx.freenet.de gewechselt ist, das erklärt auch den automatischen wechsel von pop auf imap bei dir. Vorzugsweise wählt Thunderbird automatisch IMAP, da es ein ausgereifteres Verfahren ist)
Probiers mal hiermit

Wenn das nicht funktioniert, dann MUSST du das freenet Konto nochmal neu in Thunderbird einrichten
Einstellung unter:
Extras > Erweitert > Konfiguration bearbeiten....
Fenster "about
:config" öffnet sich,
dann filter: server.s setzen
suchen nach:
mail.server.serverX.userName (X steht für eine Zahl; z.B. 2)
Wert: E-mail-Addresse, bei der der Servertyp geändert werden soll
Darüber findet man den Eintrag:
mail.server.serverX.type (X wieder für die entsprechende Zahl)
Wert: IMAP
Zeile anklicken, dann mit rechter Maustaste auf "Bearbeiten"
Fenster öffnet sich: "Geben Sie einen string-Wert ein"
Wert IMAP auf POP3 ändern > O.K.
Thunderbird neustarten