Also standardmäßig sollte auf einem MAC die Java-Runtime-Engine JRE istalliert sein und dann reicht ein Klick auf die JAR-Datei und Java wird gestartet und führt die Java-Version von Apophysis aus.
Vielleicht hilft Euch das weiter: http://peter-grunwaldt.de/computer/j.../java_mac.html (Obere Hälfte)

Ich hab leider keinen MAC, um es auszuprobieren.
Hier noch mal die Seite des Apophysis-j Entwicklers: http://jfbouzereau.free.fr/apophysis.html Die Version ist aktueller.