Vielen Dank, wird ich mal überprüfen.

Hat mit Schadprogrammen wenig zu tun.
Viele Änderungen dieser Art werden in der unsichtbaren desktop.ini gespeichert, die beim Neustart wieder neu angelegt wird (warum das so ist, keine Ahnung; da hat einer nicht gründlich nachgedacht oder man will dem unbedarften Nutzer helfen — ich finde es murks).

Man müsste mal herausklamüsern:

Was soll geändert werden?
In was genau ändert es dann das Betriebssystem wieder genau?
Kann ja sein, dass da Programme sagen, dass deren Icon so oder so aussehen soll. Oder dass die Ansicht sagt, der Ordnerinhalt soll angezeigt werden, statt dem Symbol (bei Windows ein gern übersehenes Feature, was solche Probleme bereiten kann).

Wenn man alle Dateien anzeigen lässt, dann ist die Datei auch nicht unsichtbar.
Allerdings lösche ich die grundsätzlich vom Desktop (nach einer Neu-Installation).
Kommt dann auch nicht wieder.